Η δημιουργία και εφαρμογή πρωτοκόλλων λειτουργίας υπήρξε επανειλημμένο και διαχρονικό αίτημα των συντεχνιών των δεσμοφυλάκων, αναφέρει το Τμήμα Φυλακών, σημειώνοντας ότι τα πρωτόκολλα εισάγονται «για τη διασφάλιση συνθηκών ασφάλειας, νομιμότητας και δικαιοσύνης στο εργασιακό και σωφρονιστικό περιβάλλον».